دانلود پایان نامه:جداسازی و تشخیص مولکولی پاراکوویروس های انسانی از نمونه کلینیکی کودکان مبتلا به گاستروانتریت به روش تکنیک مولکولی RT_PCR

دانلود پایان نامه

عنوان : جداسازی و تشخیص مولکولی پاراکوویروس های انسانی از نمونه کلینیکی کودکان مبتلا به گاستروانتریت به روش تکنیک مولکولی RT_PCR

دانشگاه آزاد اسلامی

 واحد علوم دارویی  

دانشکده علوم و فناوری های نوین

 

پایان نامه برای دریافت درجه کارشناسی ارشد

گروه زیست شناسی

گرایش :میکروبیولوژی

 

عنوان:

جداسازی و تشخیص مولکولی پاراکوویروس های انسانی از نمونه کلینیکی کودکان مبتلا به گاستروانتریت به روش تکنیک مولکولی RT_PCR

استاد راهنما:

سرکار خانم دکتر فریده قاضی

 

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

 

فهرست مطالب                                                                     عنوان

خلاصه فارسی1
……

…………………………………

………………………………………………………………………

مقدمه

2

(1-1 تاریخچه پیکورنا ویروس ها

3

(2-1 تقسیم بندی پیکورنا ویورس ها

  4

(3-1 خصوصیات فیزیکی و شیمیایی

8

(4-1 ساختمان پیکورنا ویروس ها

8

(5-1 ساختار ژنوم در پیکورنا ویروس ها

  13.

(6-1 سیکل تکثیر پیکورنا ویورس ها

16.

(7-1 ترجمه ژنوم پیکورنا ویروس ها

23

(8-1 پردازش پلی پروتئین در پیکورنا ویروس ها

23

(1-8-1 پروتئین L

24

(2-8-1 پروتئین 2A

24

(3-8-1 پروتئین 3C

.24.

(9-1 تکثیر ژنوم و سنتز mRNA

25.

(1-9-1 RNA پلیمراز وابسته به RNA ویروسی

26

(2-9-1 پروتئین 3D 

26

(10-1 نقش پروتئین های کمکی در تکثیر ژنوم

27

(1-10-1 پروتئین 2B

27

(2-10-1 پروتئین 2C

27

(3-10-1 پروتئین 3AB

27.

(4-10-1 پروتئین فرعی سلول

28.

(5-10-1 پروتئین متصل کننده پرایمر برای سنتز RNA

28.

(11-1 محل سنتز RNA در سلول

29

(12-1 چگونگی تشخیص RNA ویروسی و سلولی از یکدیگر

31

(13-1 مرحله تجمع و تشکیل ذرات عفونی

32

(14-1 پاراکوویروس

.33

(1-14-1 جداسازی و خصوصیات اولیه پاراکوویروس

33

(2-14-1 پروتئین های پاراکوویروس

34

(3-14-1 پردازش پروتئین در پاراکوویروس ها

35

(4-14-1 توالی 5´-UTR در پاراکوویروس ها

36

(5-14-1 ارتباط ژنتیکی پاراکوویروس ها با پیکورنا ویروس های دیگر

38

(6-14-1 تداخلات بین HPeV1-2 با سطح سلولهای حساس 

.39

(7-14-1 عوارض کلینیکی و اپیدومیولوژی پاراکوویروس ها

41

(8-14-1 ویروس های مرتبط با پاراکوویروس ها در حیوانات

41

جداول:

جدول 1) اعضای خانواده پیکورنا ویریده

4

جدول 2) گیرنده ها و کمک گیرنده های مورد استفاده در پیکورنا ویروس

19

جدول 3) میزان تشابه توالی اسیدهای آمینه بینHPEV-1  وHPEV-2   

.43……

جدول 4)  تهیه محیط کشت

.55

جدول 5) تهیه محلول های مورد نیاز برای استخراج پلاسمید

.57

جدول 6) توالی و موقعیت پرایمرهای طراحی شده برای ناحیه5´ UTR

59

جدول 7) نتیجه مقایسه سکانس توالی های 5UTR  با بانک ژنی به روش blast

65

جدول 8 )نتایج blast محصول PCR

.73

جدول 9- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت بر اساس PCR

.76

جدول10 – فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب جنس…
………

.76

جدول11- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب سن

……
………

.76

جدول 12- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب فصل…

………

.76

نمودار:

نمودار1- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت بر اساس PCR………

.77

نمودار-2 فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب جنس……………

.77

نمودار-3 فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب سن……

……

.78.

نمودار4 – فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت  برحسب فصل……

……

.78

 اشکال:

شکل 1) نمای شماتیک کپسید ویروس ها

9…

شکل 2) دیاگرام شماتیک 8 زنجیره β …………………………………………………

11

شکل 3) مدلی از پولیوویروس تیپ 1
………………………………………………………………………

11

شکل 4) تداخلات میریستات با پروتئین های سطح ویروس 

13

شکل 5) تصویر شماتیک ژنوم پیکورنا ویروس ها

13

شکل 6) دو تیپ اصلی از IRES در پیکورنا ویروس ها

15

شکل 7) چرخه تکثیر پیکورناویروس

17

شکل 8) تصویر شماتیکی از Canyon …………………………………………………………………… ……

.20

شکل 9) شکاف Canyon و نحوه قرار گرفتن دارو در VP1

20

شکل 10) مدل دخول پیکورنا ویروسها به درون سلول

22

شکل 11) مکانیسم فرضی برای عبور RNA پیکورنا ویروس ها از عرض غشا

22

شکل 12) تصویر سه بعدی از 3C pro ویروس هپاتیت A ، 2A pro رینو ویروس و  FMDV Lpro

25…

شکل 13) نحوه اتصال vpg به ابتدای ژنوم پیکورنا ویروسها، محل کلیواژ vpg

29…

شکل 14) سنتز RNA و ترجمه پروتئین

30

شکل 15) مدل سنتز ssRNA پولوویروس

31

شکل 16) مراحل ساخته شدن واحدهای ساختمانی و عملکرد 3CD pro در این مرحله

32

شکل 17) مراحل مرفوژنز پیکورنا ویرس ها

33

شکل 18) کلیواژ اولیه پروتئین پیکورنا ویروس ها

36

شکل 19) دیاگرام شماتیک ساختار ثانویه

37

شکل 20) دندروگرافی براساس پروتئین  VP3 در پیکورنا ویروس ها

38

شکل 21) مقایسه توالی اسید آمینه ای در انتهای کربوسیلی از VP1 در بین پاراکوویروس ها و CAV

این مطلب مشابه را هم بخوانید :   دانلود پایان نامه:کلونینگ و بیان فاکتور محرک رشد کلنی گرانولوسیتی(GCSF) نوترکیب در مخمر Hansenula Polymorpha

39.

شکل 22) نتایج Plaque assay پاراکوویروس انسانی تیپ 1

40

شکل 23) ارتباط فیلوژنیک بین پاراکوویروس ها و ایزوله های تازه جداشده از ویروس L jungan درحیوانات

.42

 فصل اول

کلیات

.44

  • بیان مساله

    .45

(2-1 فرضیه

.46                                                            (3-1اهداف تحقیق

47

1-4)ضرورت انجام تحقیق

.47                                                               

فصل دوم

مروری بر متون گذشته

.48

                                                                 فصل سوم 

مواد و روش ها

.51

(1-3آماده سازی میکروتیوب و سرسمپلرها

.52

(2-3  مواد لازم برای تهیه سوسپانسیون

.52

(3-3 جداسازی RNA و ساخت cDNA

.53

(4-3سنتز cDNA

.54

3-5) Compatent

.55

3-6) ترا نسفورم

.56

Mini prep protocol ( 7-3 (استخراج پلاسمید)

.58

PCR (8-3.

.58

(9-3 روش تهیه ژل آگارز

.60

(10-3 روش آماده سازی مارکر 1kb

.60

11-3)تکنیک الکتروفورز

.61

(12-3تهیه بافر الکتروفورز 1x

.61

(13-3روش استخراج DNA از ژل

.61

فصل چهارم

نتایج

63

مقایسه blast برخی توالی های مثبت با توالی موجود در بانک ژنی

.66

                                                                 فصل پنجم

بحث و نتیجه گیری

.79

بحث

.80

نتیجه گیری

.84

توصیه ها و پیشنهادات

.85

منابع

86

خلاصه انگلیسی

100
          

خلاصه:

پار اکو ویروس انسانی که به خانواده پیکورنا ویروس ها تعلق دارد, بدون غشا بوده و دارای ژنوم   RNAتک رشته با قطبیت مثبت می باشد
اندازه ژنوم این ویروسKb 4/8 – 2 /7می باشد
این ویروس با بروز عفونت های گوارشی و تنفسی و گاهی عفونت های سیستم اعصاب مرکزی مرتبط است
از آنجا یی که هیچ اطلاعات درستی در مورد ژنوتایپ این ویروس در ایران وجود نداشته است این مطالعه  به منظور تشخیص سریع , تعیین ژنوتایپ این ویروس در نمونه های مدفوع کودکان  ایرانی زیر چهار سال مبتلا به گاستروآنتریت طراحی شده است
RNA از سوسپانسیون مدفوع استخراج شده وcDNA  تهیه  گردید و nested PCR  با پرایمرهای اختصاصی انجام شد و محصول  PCRاز ژل آگارز استخراج و تعیین توالی گردید
نتایج نشان داد که تکنیک RT-PCR برای تشخیص مستقیم HPeV  در نمونه های کلینیکی کاربردی تر, حساس تر , سریعتر از  روش کشت سلولی می باشد
این موضوع تایید میکند که روش RT-PCR روشی برتر برای تشخیص این ویروس درزمانی کوتاهتر و با هزینه کمتر می باشد
همچنین تشخیص سریع می تواند مانع مصرف بی رویه آنتی بیوتیک گردد

کلمات کلیدی :  پیکورناویروس- پاراکوویروس انسانی- گاستروآنتریت

مقدمه

1-1 )تاریخچه پیکورنا ویروس:                                                                                                                                                                                                                                       

پیکورنا ویروس ها دلیل نام آنها کوچکی آنهاست که پیکو(Pico) به زبان آلمانی به معنای کوچک است یعنی  ویروسهای کوچک RNA دار, و پاراکوویروس از خانواده پیکورنا ویروس ها می باشد

پیکورنا ویروس ها، ویروس های کروی شکلی هستند که دارای ژنوم RNA ی تک زنجیره با قطبیت مثبت  (+ssRNA)  می باشند
اندازه این ویروس ها از kb 7.2 در (ردیف ویروس انسانی) تا Kb 7.4 در (پولیوویروس، هپاتیتA) و تا kb8.4 در (آفتو ویروس ها) متغیر است (1)

پیکورنا ویروس ها نقش شگرفی در پیشرفت ویروس شناسی مدرن داشته اند، به طوریکه FMDV[1] اولین ویروس حیوانی بود که در سال 1898 توسط Frosch , Loeffler کشف گردیده
ده سال بعد در اواخر قرن بیستم، با ظهور اپیدمی پولیومیلیت شاهد ایزوله شدن عامل این عفونت (پولیوویروس) توسط popper , landsteinerk بودیم
40سال بعد دریافتند که پولیوویروس قادر است در کشت سلولی رشد نماید
این یافته آغاز راهی برای مطالعه تکثیر ویروسها بود
سپس اندازه گیری پلاک (Plaque assay) به عنوان یک روش استاندارد در اندازه گیری عفونت زایی پولیوویروس به کار گرفته شد (3,2)

اولین RNA پلیمراز مرتبط با RNA در مننگوویروس (Mengovirus) شناسایی گردید (1)

با انجام مطالعات بیشتر مشخص شد که ویروس ها برای ورود به سلول از یکسری گیرنده های خاص استفاده می کنند که مختص آن ویروس ها بوده و برای ورود ویروس به سلول ضروری می باشند

پروتئین های پیکورنا ویروس ها به صورت یک پارچه سنتز شده و توسط یک یا دو پروتئین که خاصیت پروتئازی دارند بصورت آبشاری ودنبال هم می شکند و بسته به نوع ویروس12,11,10 پروتئین مجزا دارند
این پیش سازهای پروتئینی شامل2A , 3C , 3D است که نقش مهمی در همانندسازی و تکثیر ویروس دارند
به طورکلی این پروتئین ها غیر ساختمانی بوده
و فعالیتهای آنزیمی او شبه آنزیمی دارند

بسیاری از پیکورنا ویروسها بیماریهای مختلفی در انسان ایجاد می کنند
از فلج شدید تا مننژیت اسپتیک، میوکاردیت، ضایعات وزیکولر و گزانتمی پوستی، ضایعات جلدی مخاطی، بیماری های تنفسی، بیماری های چشمی و

جدی ترین بیماری که توسط پیکورنا ویروس ها در انسان به وجود می آید پولیومیلیت است که اشکال تحت بالینی این بیماری از بیمارهای بالینی آن شایع تر می باشد (1)

تعداد صفحه : 127

قیمت : 14700 تومان

بلافاصله پس از پرداخت لینک دانلود فایل در اختیار شما قرار می گیرد

و در ضمن فایل خریداری شده به ایمیل شما ارسال می شود

پشتیبانی سایت :        ****       asa
[email protected]
com

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید

***  *** ***